Es muy difícil determinar cuando y en que momento llegaron los primeros pobladores a Cajamarca. Es muy probable que su arribo haya sido en un estado primitivo, pero gracias a su capacidad inventiva, posteriormente, organizaron una gran cultura. Los restos encontrados por Augusto Cardich muestran la presencia de una antigua cultura lítica muy diferente a las demás. Estos fueron hallados en la cueva 1 de Cumbe y demuestran que eran consumidores de venados y cuyes silvestres.
En el siglo XVII la ciudad logra un importante grado de desarrollo. En 1678 había 362 familias de españoles. El 19 de diciembre de 1802, el rey de España le dio el título de ciudad capital de la provincia, con prerrogativas para ayuntamiento. En 1986 la Organización de Estados Americanos declaró a Cajamarca, patrimonio histórico y cultural de las Américas. También se encuentra en una lista oficial para ser declarada su centro histórico Patrimonio de la Humanidad de la UNESCO.
